A primeira informação escrita sobre Igreja Nova aparece em 1255, durante o reinado do quinto rei de Portugal, D. Afonso III (1248-1279). Até essa data, a povoação estava canonicamente ligada à Santa Maria de Sintra, uma paróquia de grandes dimensões e, por isso mesmo, de difícil administração. Nesse ano, no mesmo local, foi fundada uma capela com a invocação de Nossa Senhora da Conceição.

A construção da igreja data de 1527 e contém elementos do estilo manuelino, presentes nas portas de acesso à galilé e à torre sineira. Já a pia baptismal de oito faces pertence ao período renascentista. Destaca-se ainda uma pia de água benta que está assente numa curiosa ara romana.

Em 9 de setembro de 1550, por carta de D. Fernando, arcebispo de Lisboa e capelão régio, foi confirmada a autonomização da igreja de Santa Maria da Conceição de Igreja Nova, subtraindo-a da Matriz de Santa Maria de Sintra, à qual era capela anexa. A igreja ficou dotada de um prior perpétuo por vontade expressa da rainha Dona Catarina de Habsburgo (1507-1578).

O violento terramoto de 1 de novembro de 1755 causou grandes danos na estrutura de toda a igreja, que só seriam corrigidos em 1874, durante as obras de restauro do edifício, altura em que a torre sineira foi elevada em mais cinco metros.

A 3 de setembro de 1984, um incêndio destruiu por completo o templo. A igreja foi reaberta ao culto após a sua reconstrução em 1985, caracterizada por uma nave única e capela-mor.

Por decreto nº 37728, de 5 de janeiro de 1950, foram classificados como Património Material e Imóvel de Interesse Público o pórtico da torre sineira, o pórtico da galilé e a pia baptismal, com a classificação de valor artístico dos estilos Gótico, Manuelino e Renascentista.